水分是藥用植物生長發育的必需條件之一。土壤水分不足時，藥用植物發生萎蔫，輕則減產，重則死亡；水分過量，引起莖葉徒長，延遲成熟期，甚至使根系窒息死亡。故灌溉與排水是調節植物對水分要求的重要措施。一般控制土壤水分的原則是：土壤含水少而藥用植物需水多時，應注意灌水；土壤含水多而藥用植物需水量少時應注意排水。灌溉時間須根據當地的氣候、土壤和植物生長情況而定。苗期在注意澆水抗旱保證全苗的前提下，通常宜節制用水，促進根系下扎，以利培育壯苗；植株封行以后到旺盛生長階段，耗水量增大，不能缺水；花期對水分要求較嚴，過多常引起落花，過少則影響授粉受精作用；果期在不造成落果的情況下，可適當偏濕一些；接近成熟期應停止灌水。水生植物也應根據不同的生長發育期和需水條件不同而進行適當的灌水和排水。

灌溉的方法很多，有溝灌、畦灌、噴灌和滴灌等，一般多采用畦灌和溝灌。夏季灌水，因土溫高，宜在清晨或傍晚進行。旱生藥用植物的灌水時間不能過長，一般灌到土壤已經充分濕潤時即應排水。鹽堿成分過高和有害廢水不能用于灌溉。灌水次數也因藥用植物種類和天氣降雨情況而定，一般在藥用植物生長期中進行多次灌水。灌溉水溫和土溫不能相差太大；在地下水位高、土壤潮濕、田間有積水時，應及時排水。